Si las cantidades que tengan a su favor los contribuyentes no derivan de la misma contribución, sólo se podrán compensar en los casos en que así lo determine la autoridad fiscal previa solicitud y resolución de autorización. (El presente artículo se reformó en su párrafo primero y segundo, mediante Decreto No. 233, publicado en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado de México, de fecha 18 de diciembre de 2008).

No se causarán recargos cuando el contribuyente compense el saldo a su favor, hasta por el monto de dicho saldo, siempre que éste se haya originado con anterioridad a la fecha en que debió pagarse la contribución de que se trate.
Sólo se causarán recargos por el período comprendido entre la fecha en que debió pagarse la contribución y la fecha en que se originó el saldo a compensar, cuando el saldo a favor del contribuyente se hubiere originado con posterioridad a la fecha en que se causó la contribución a pagar.

Si la compensación se hubiera efectuado y no procediera, se causarán recargos sobre las cantidades compensadas indebidamente, actualizadas por el período transcurrido desde el mes en que se efectuó la compensación indebida, hasta aquel en que se haga el pago del monto de la compensación indebidamente efectuada.

Procede la compensación, cuando se trate de cualesquiera clase de créditos o deudas a cargo del Estado, derivados de créditos fiscales a favor de la Federación, otras entidades federativas o del municipio; y cuando se trate de cualquier clase de créditos o deudas a cargo de la Federación, de otras entidades federativas, municipio y organismos descentralizados a favor del Estado.

Se podrán compensar los créditos y deudas entre el Estado y los municipios por una parte; y la Federación, otras Entidades Federativas, y Organismos por la otra.

Las autoridades fiscales podrán compensar de oficio o a petición de los contribuyentes las cantidades de naturaleza fiscal que tengan a su favor, contra las cantidades que los contribuyentes estén obligados a pagar por adeudos propios o por retención a terceros y que hayan quedado firmes por cualquier causa. No se podrán compensar las cantidades cuya devolución se haya solicitado o cuando haya prescrito la obligación para devolverlas.
En el caso de que la compensación la realice la autoridad de oficio, deberá notificarlo al contribuyente de manera personal

Artículo 44.- Los contribuyentes obligados a pagar mediante declaraciones podrán optar por compensar las cantidades que tengan a su favor contra las que estén obligados a pagar por adeudo propio o por retención a terceros, siempre que ambas deriven de una misma contribución, incluyendo sus accesorios. Al efecto, bastará que efectúen la compensación de dichas cantidades actualizadas, conforme al porcentaje que para tal efecto se señale en la Ley de Ingresos correspondiente, por cada mes que transcurra desde que se presentó la declaración que manifiesta el saldo a favor o se hizo el pago de lo indebido, hasta aquel en que la compensación se realice. Los contribuyentes presentarán el aviso de compensación, dentro de los cinco días siguientes a aquél en el que la misma se haya efectuado, acompañada de la documentación que al efecto se señale mediante reglas de carácter general que emitirá la autoridad fiscal competente, mismas que habrán de publicarse en el Periódico Oficial. Los contribuyentes que hayan ejercido la opción y tuvieren remanente una vez efectuada la compensación, podrán solicitar su devolución.